Hovedforskellen mellem søster- og ikke-søsterchromatider er, at søsterkromatider er identiske og indeholder den samme allel i samme loci, mens ikke-søsterchromatider ikke er identiske og indeholder forskellige alleler af det samme gen i samme loci.
De to typer kromatider, der findes i cellen, der gennemgår celledeling, er søsterkromatider og ikke-søster kromatider. Generelt dannes kromatider i tidlige stadier af celledeling. På den anden side dannes ikke-søster kromatider under metafase I af meiose. De er til stede i det homologe kromosompar på celleækvator, mens søsterkromatider er til stede i det samme kromosom. Desuden forbinder kromosomets centromer de to søsterkromatider sammen.
