Hovedforskellen mellem sammensatte og ikke-sammensatte transposoner er, at sammensatte transposoner har to flankerende indsættelsessekvenser, mens ikke-sammensatte transposoner har inverterede gentagelser i stedet for flankerende indsættelsessekvenser.
Et transposon er et fragment af DNA, som kan translokere inden i det bakterielle genom. De er mobile DNA-sekvenser. De flytter ind på nye steder i genomet. Disse bevægelser foretager ændringer i sekvensen af det bakterielle genom, der forårsager betydelige ændringer i genetisk information. De er de transponerbare genetiske elementer, der er ansvarlige for at etablere nye genetiske sekvenser i bakterier. Transposoner kaldes også hoppegener, fordi disse hoppesekvenser kan blokere transkriptionen af gener og omarrangere det genetiske materiale af bakterien. Desuden er de ansvarlige for bevægelsen af lægemiddelresistens, antibiotikaresistensgener mellem plasmider og kromosomer. Der er to typer transposoner som sammensatte og ikke-sammensatte transposoner.
