Hovedforskellen mellem endosymbiose og invagination er, at endosymbiosis er en teori, der forklarer oprindelsen af mitokondrier og kloroplaster inde i den eukaryote celle, mens invaginationen er en proces, der forklarer kernen og andre celleorganellers oprindelse gennem dannelsen af invagination fra plasmaet membran til celleinteriøret.
Forskere mener, at eukaryote celler har udviklet sig fra prokaryote celler. De har udviklet mange teorier for at forklare, hvordan denne udvikling er sket. Endosymbiose er en sådan teori, der forklarer mitokondriernes og kloroplastens oprindelse inde i de eukaryote celler fra de prokaryote bakterier. Mens invagination er en proces, der forklarer oprindelsen af kernen og andre membranbundne organeller inde i den eukaryote celle.
