Hovedforskellen mellem endosymbiose og symbiose er, at endosymbiose er en teori, der beskriver, hvordan mitokondrier og kloroplaster kom ind i eukaryote celler, mens symbiose er en langsigtet interaktion, der eksisterer mellem to forskellige levende arter.
Organismer i et økosystem interagerer med hinanden på forskellige måder. Symbiose er en interaktion, der eksisterer mellem to forskellige arter, der lever sammen. Nogle interaktioner gavner begge parter, mens nogle interaktioner forbliver neutrale. Imidlertid er nogle andre interaktioner skadelige for den ene part, især for værtsorganismen, mens den anden part modtager fordele på værtens bekostning. Vi kan se alle disse typer interaktioner i et økosystem. Imidlertid er denne slags interaktioner afgørende for et økosystems stabilitet. Endosymbiose er derimod en teori, der forklarer oprindelsen af den eukaryote celle fra en prokaryot celle.
