Hovedforskellen mellem endotoksin og exotoksin er, at endotoksinet er et lipopolysaccharid, der ligger inden for bakteriecellevæggen, mens exotoksin er et protein, der udskilles på ydersiden af bakteriecellen.
Toksigenese er processen med at producere toksiner af patogene bakterier. Det er en af de vigtigste mekanismer, som bakterier bruger til at forårsage sygdomme. Der er to typer bakterietoksiner som endotoksiner og exotoksiner. Der er en forskel mellem endotoksin og eksotoksin strukturelt såvel som kemisk. Desuden handler de forskelligt på levende organismer. Generelt er endotoksiner lipopolysaccharider, mens exotoksiner er proteiner.
