Hovedforskellen mellem aflatoksin og mykotoksin er, at aflatoksin er en type giftigt mykotoksin produceret af Aspergillus-arter, mens mykotoksin er en sekundær metabolit produceret af svampe, der er i stand til at forårsage sygdomme og død hos mennesker og andre dyr.
Nogle svampe forårsager sygdomme hos mennesker og andre dyr. De invaderer dyreceller, fodrer og vokser på dem. Bortset fra det er der et andet middel, hvormed svampe kan forårsage sygdomme. De er de sekundære metabolitter, der er toksiner. Visse svampe, især forme, producerer sekundære metabolitter kendt som mykotoksiner. Disse svampe vokser på mad og udskiller mykotoksiner. Når vi spiser fødevarer, der er forurenet med mykotoksiner, forårsager det en række skadelige helbredseffekter og udgør en alvorlig sundhedstrussel for os. Der er hundredvis af forskellige mykotoksiner. Blandt dem er aflatoksin det mest giftige og almindeligt forekommende mykotoksin produceret af Aspergillus-arter. Derfor giver denne artikel en kort forklaring på forskellen mellem aflatoksin og mykotoksin.