Hovedforskellen mellem antigen og patogen er, at antigen er et fremmed stof, toksin eller et molekyle, der kan stimulere et immunrespons for at producere antistoffer mod det, mens patogen er en organisme, især en mikrobe, der inficerer vores krop og forårsager sygdomme.
Patogener er fremmede organismer, der forårsager sygdomme i værtsplanter og dyr. Et antigen er et molekyle placeret i cellevæggen af bakterier eller belægningen af organismer. Antigen får vores immunsystem til at producere antistoffer mod det og beskytte vores krop mod skadelige fremmede organismer.
