Hovedforskellen mellem BLAST og FastA er, at BLAST er et grundlæggende tilpasningsværktøj, der er tilgængeligt på National Center for Biotechnology Information-webstedet, mens FastA er et værktøj til søge efter lighed, der findes på European Bioinformatics Institute-webstedet.
BLAST og FastA er to software, der er meget brugt til at sammenligne biologiske sekvenser af DNA, aminosyrer, proteiner og nukleotider af forskellige arter og se efter deres ligheder. Disse algoritmer blev skrevet med tanke på hastighed. Fordi da forskere var i stand til at isolere DNA i laboratoriet i midten af 1980'erne, rejste det et behov for at sammenligne og finde identiske gener til yderligere forskning i høj hastighed. Derfor blev disse to software udviklet på en måde, som brugeren kan foretage en hurtig søgning af lignende sekvenser med deres forespørgselssekvenser.
BLAST er et akronym for Basic Local Alignment Search Tool og bruger den lokaliserede tilgang til at sammenligne de to sekvenser. FastA er en software, der henviser til Fast A, hvor A står for All. Her fungerer softwaren med alfabeter som Fast A til DNA-sekventering og Fast P til protein. Både BLAST og FastA er meget hurtige til at sammenligne enhver genomdatabase og er derfor meget levedygtige monetært såvel som med at spare tid.
