Hovedforskellen mellem bakteriocin og antibiotikum er, at bacteriocin er et proteinholdigt toksin, der produceres af bakterier mod en nært beslægtet bakteriestamme, mens antibiotikumet er et antibakterielt stof og en sekundær metabolit, der dræber eller hæmmer væksten af bakterier.
Antimikrobielle stoffer har evnen til at dræbe patogene mikroorganismer eller forsinke deres vækst og reproduktion. Antimikrobielle stoffer kan være antibakterielle, antifungale eller antivirale. Antibakterielle stoffer eller antibiotika virker mod bakterier, mens antifungale stoffer virker mod patogene svampe. Antivirale lægemidler dræber vira. Derfor er antibiotika en type mest effektive antibakterielle stoffer, der kan bruges til at bekæmpe bakterielle infektioner. Bacteriocin er et proteinholdigt toksin produceret af bakterier. Det virker mod nært beslægtede bakteriestammer. Således besidder både antibiotikum og bakteriocin antibakteriel aktivitet.
