Hovedforskellen mellem mikronukleus og makronukleus er, at mikronukleus er den mindre kerne, der indeholder kimlinjegenomet hos de ciliate protozoer, mens makronukleus er den største kerne, der indeholder det somatiske genom ciliate protozoer.
Kernedimorfisme er fænomenet at have to forskellige typer kerner inden for den samme celle. Det er en særlig egenskab, der findes i protozoiske ciliater og nogle foraminifera. Disse to kerner er makronukleus og mikronukleus. De indeholder separate genomer. Makronukleus er den større, der styrer metabolismen af ciliatprotozoer, mens mikronukleus er den mindre, der udfører reproduktive funktioner og genererer makronukleus.
