Hovedforskellen mellem hæmocyanin og hæmoglobin er, at hæmocyanin er et kobberholdigt ekstracellulært respiratorisk pigment til stede i noget hvirvelløse blod, mens hæmoglobin er et jernholdigt intracellulært respiratorisk pigment, der er til stede i hvirveldyrsblod.
I aerobe organismer sker gasudveksling gennem de metalloproteiner, der findes i blodet. Derfor er hæmocyanin og hæmoglobin to metalloproteiner, der letter gasudveksling i henholdsvis hvirvelløse dyr og hvirveldyr. Hemocyanin er et kobberholdigt åndedrætspigment, som findes suspenderet i hvirvelløse dyrs hæmolymfe. I modsætning hertil er hæmoglobin et jernholdigt luftvejspigment, der er bundet til de røde blodlegemer hos hvirveldyr. Den iltede form af hæmocyanin er blå i farven. Men den iltede form af hæmoglobin er lys rød i farven.
