Hovedforskellen mellem formørkelse og latent periode er, at formørkelsesperioden er tidspunktet for syntetisering af fagproteiner og nukleinsyrer inde i værtscellen, mens den latente periode er tiden mellem injektion af det virale genom i cellen og værtscelle-lysis.
En bakteriofag (fag) er en obligatorisk intracellulær viruspartikel, der inficerer og formerer sig inden i en bestemt bakterie. Disse er også kendt som bakteriespisere, da de fungerer som bakteriedræbende midler. Hoved- og halkompleksform er den mest almindelige form, som bakteriofager viser. De inficerer værtsbakterierne for at reproducere sig. I begyndelsen af infektionen binder de sig tæt til bakteriecellevæggen ved hjælp af deres overfladereceptorer og injicerer deres genetiske materiale i værtscellen. Derefter kan deres infektion forekomme via to cyklusser: lytisk og lysogen cyklus.
I den lytiske cyklus inficerer bakteriofager bakterier og dræber hurtigt værtsbakteriecellen ved lysis. I den lysogene cyklus integreres viralt genetisk materiale med bakterielt genom eller plasmider og eksisterer i værtscellen i mange generationer uden at dræbe værtsbakterien. Infektionsprocessen følger forskellige perioder som den latente periode, formørkelsesperiode, stigningsperiode osv.
