Hovedforskellen mellem regulatorisk og repressorprotein er, at regulatorisk protein kan fremme eller hæmme transkriptionen af gener. I mellemtiden hæmmer repressorproteinet ekspressionen af et eller flere gener.
Før vi går nærmere ind i diskussionen om forskellen mellem regulatorisk og repressorprotein, lad os kort diskutere genregulering. Gen er en specifik nukleotidsekvens, hvor den genetiske information er skjult for at syntetisere et protein. Genekspression kan reguleres på forskellige måder. Via forskellige mekanismer styrer celler ekspressionen af gener og deres ekspressionsniveauer. Generelt forekommer genregulering på transkriptionsniveau. Regulerende protein og repressorprotein er to typer proteiner involveret i genregulering på transkriptionsniveau. Disse regulatoriske proteiner og repressorproteiner binder til en specifik sekvens nær genet og påvirker transkriptionen af genet.