Hovedforskellen mellem thiocyanat og isothiocyanat er, at thiocyanat er en funktionel gruppe, hvori alkyl- eller arylgruppen er bundet gennem svovlatomet, hvorimod isothiocyanat er bindingsisomeren af thiocyanat, hvori alkyl- eller arylgruppen er bundet gennem nitrogenatomet.
Thiocyanat og isothiocyanat er funktionelle grupper indeholdende carbon-, nitrogen- og svovlatomer. Disse funktionelle grupper har den samme forbindelse af atomer. Det vil sige, at carbonatomet er i midten, mens nitrogen- og svovlatomer er bundet til dets sider. Den kemiske binding mellem disse atomer er imidlertid forskellig fra hinanden.
