Hovedforskellen mellem archenteron og blastocoel er, at archenteron er den primære tarm dannet under gastrulation i den udviklende zygote, som senere udvikler sig til fordøjelsesrøret, mens blastocoel er et indre væskefyldt eller æggeblommefyldt hulrum i blastulaen dannet under blastulation.
Befrugtning er begivenheden med seksuel reproduktion, der danner en diploid zygote. Zygoten bliver til sidst til et embryo. Embryoet gennemgår mitotiske opdelinger og cellulær differentiering, hvilket gør et multicellulært embryo. Morula er en tidlig fase af fosteret, som indeholder 16 celler. Morula bliver blastula ved den syvende spaltning. Blastula indeholder 128 celler. Det er en hul kugle af celler, der omgiver et indre væskefyldt hulrum. Og dette væskefyldte hulrum i blastula er kendt som blastocoel. Blastula foldes indad og forstørres for at gøre gastrula, som er en flerlagsstruktur, der indeholder primære kimlag. Archenteron er den primære tarm i gastrula. Archenteron udvikler sig senere til fordøjelsesrøret.
