Hovedforskellen mellem fagolysosom og fagosom er, at fagolysosom er et cytoplasmisk legeme dannet ved fusion af et fagosom med et lysosom. I mellemtiden er fagosom en vesikel dannet omkring partiklerne, der er opslugt af en fagocytisk celle under fagocytose.
Fagocytose er en forsvarsmekanisme, der anvendes i visse celler eller organismer til at fjerne fremmede partikler fra kroppen. Fagocytter er cellerne, der udfører fagocytose. Fagocytter er typer af hvide blodlegemer, især neutrofiler, monocytter og makrofager til stede i blodet. Disse celler beskytter kroppen ved at detektere fremmede partikler såsom bakterier, toksiner, døde og døende somatiske celler osv. Fagocytter opsluger derefter og ødelægger dem. Fagocytose er en slags endocytose. Ved fagocytose internaliserer faste partikler sig i en struktur kaldet fagosom. Når de først er fanget inde i fagosomet, smelter de sammen med lysosomer og danner fagolysosomer. Derefter nedbrydes og destrueres partiklerne inde i fagosomet ved hjælp af lysosomhydrolaseenzymerne.
