Hovedforskellen mellem bakteriochlorophyll og chlorophyll er, at de anoxygeniske fototrofer, såsom lilla bakterier, heliobakterier og grønne svovlbakterier osv. Har bakteriochlorophylls, mens iltfototrofer som grønne planter, alger og cyanobakterier har chlorophylls.
Der er to typer fotosyntese; iltisk fotosyntese og anoxygen fotosyntese. Der er også to typer fotosyntetiske pigmenter som klorofyl og bakterioklorofyl. Oxygeniske fototrofer har klorofyl, mens anoxygene fototrofer har bakterioklorofyl. Bakteriochlorophyll og chlorophyll er ens i den overordnede struktur. Men de adskiller sig i udskiftningerne omkring ringen og i længden og udskiftningerne på phytol halen. Der er fire typer klorofyler, mens der er syv typer bakterioklorofyler.
