Hovedforskellen mellem V-type og F-type ATPase er, at V-type ATPase fungerer som en ATP-drevet ionpumpe, mens F-type ATPase fungerer som ATP-syntase i celler.
ATPase er et udtryk, der refererer til enzymer, der er i stand til at hydrolysere ATP. Generelt nedbryder ATPaser ATP, og den energi, der frigøres under reaktionen, bruges til at udføre arbejde, da ATP er den energivaluta, der giver energi til næsten alle cellulære processer. ATP-opdeling har brug for ATPases. Derfor sænker ATPases aktiveringsenergien ved ATP-hydrolyse. Der er fire hovedtyper af ATPaser som F-ATPases, V-ATPases, A-ATPases og P-ATPases. V-type ATPaser findes primært i eukaryote cellevakuoler. I modsætning hertil findes F-type ATPaser i bakterielle plasmamembraner, mitokondriers indre membran og kloroplaster. De katalyserer hydrolyse eller syntese af ATP-kobling med H + (eller Na +) -transport over en membran.
