Hovedforskellen mellem codominance og multiple alleler er, at codominance udtrykker virkningerne af begge alleler uafhængigt uden at blande sig i den heterozygote tilstand, mens multiple alleler henviser til tilstanden af et træk, der har mere end to forskellige alleler.
Generelt kommer hvert gen med to forskellige alleler. Den ene er en dominerende allel, mens den anden er en recessiv allel. Ifølge mendelsk arv udtrykker dominerende allel sin fænotype, mens den undertrykker den recessive allel i den heterozygote tilstand. Imidlertid har nogle gener tre eller flere forskellige alleler til et træk. De kaldes flere alleler. Desuden er codominance en ikke-mendelsk arv. I dette fænomen modtager afkom begge forældrener som en kombination af begge gener. Derfor udtrykkes begge gener ens i afkommet.
