Hovedforskellen mellem lineære og roterende molekylære motorer er hovedsageligt på baggrund af bevægelsen af de komplekser, der danner motorproteinet. Mens lineære molekylære motorer viser envejs lineær bevægelse blandt komplekser, viser roterende molekylære motorer roterende bevægelser omkring forskellige komplekser, der danner den molekylære motor.
Molekylære motorer er vigtige biomolekyler, der deltager i mange reaktioner, især forbundet med energiproduktion med hensyn til adenosintrifosfat (ATP). De spiller en central rolle i bevægelse eller mekanisk arbejde. Motorproteiner bruger fri energi fra ATP eller nukleotidtrifosfathydrolyse for at producere en mekanisk kraft. Der er to typer molekylære motorer som lineære molekylære motorer og roterende molekylære motorer. De repræsenterer to former for motordrift.
