Hovedforskellen mellem CRISPR og CRISPR Cas9 er, at CRISPR (klynget regelmæssigt interspaced kort palindromisk gentagelse) er en naturligt forekommende prokaryot immunforsvarsmekanisme, mens CRISPR cas9 er en RNA-styret Cas9-nuklease, som er en del af det CRISPR-adaptive immunsystem.
CRISPR er et antiviralt immunforsvar, der findes i bakterier og arkæer. Det er en familie af DNA-sekvenser, der findes i bakteriegenomet. Den består af spacersekvenser, der stammer fra DNA-fragmenter af bakteriofager, der tidligere havde inficeret dem. I efterfølgende virusinfektioner bruger bakterier disse sekvenser til at ødelægge viralt DNA. CRISPR-sekvenser har korte palindromiske gentagelser og spacersekvenser. Desuden har CRISPR gentagne spacersekvenser ofte associerede gener, der koder for Cas-proteiner. Cas9 er en RNA-styret endonuklease. Sammen med CRISPR-sekvenser fungerer Cas9-protein som et adaptivt immunsystem i bakterier mod bakteriofager.
