Nøgleforskel - AFLP vs RFLP
DNA-undersøgelser har en enorm betydning for forståelse og bestemmelse af fylogenetiske forhold, diagnosticering af genetiske sygdomme og kortlægning af organismernes genomer. Flere teknikker associeret med DNA-analyse anvendes også til identifikation af et bestemt gen eller en DNA-sekvens i en pulje af ukendt DNA. De er kendt som molekylære markører. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) og Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) er to sådanne molekylære markører (metoder) udviklet i molekylærbiologi til at detektere genetisk variation mellem organismer. Begge metoder er lige så vigtige og har fordele og ulemper. Hovedforskellen mellem AFLP og RFLP er, at AFLP involverer selektiv PCR-amplifikation af det fordøjede DNA, mens RFLP ikke involverer selektiv PCR-amplifikation af DNA-fragmenterne.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er AFLP
3. Hvad er RFLP
4. Sammenligning side om side - AFLP vs RFLP
5. Oversigt
Hvad er AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) er et vigtigt redskab inden for molekylærbiologi og bruges i vid udstrækning i genetisk variationanalyse. AFLP er baseret på den specifikke PCR-amplifikation af det fragmenterede genomiske DNA og påvisning af polymorfismen ved hjælp af autoradiografier via gelelektroforese. AFLP bidrager bredt til at identificere genetiske forskelle i stammer eller nært beslægtede arter af forskellige kongeriger, herunder planter, dyr, bakterier og svampe. AFLP kan udføres med små mængder ukendte DNA-prøver. Det kræver ikke forudgående sekvensviden og design af sonder.
Trin af AFLP
- Isolering af DNA
- Fordøjelse af DNA med restriktionsendonukleaser
- Ligering af de begrænsede DNA-fragmenter med adaptere
- Selektiv amplifikation af fragmenterne med specifikke restriktionssteder
- Separation af PCR-produkterne ved gelelektroforese
- Visualisering af gelmatrixen ved hjælp af autoradiograph
AFLP er en mere følsom og reproducerbar metode, som kan anvendes til DNA-profilering af flere taxa, inklusive svampe, bakterier, planter og dyr uden forudgående viden om DNA-sekvenser. Det hjælper med at identificere små forskelle mellem enkeltpersoner i befolkninger på grund af dets meget følsomme natur. AFLP er også vigtig i kortlægning af genomer, retsmedicinske undersøgelser, test af forældre, genotypebestemmelse osv.
Figur 01: AFLP
Hvad er RFLP?
Restriktionsfragmentlængde polymorfier (RFLP'er) er en teknik, der bruges til at detektere de genetiske variationer i homologe DNA-sekvenser. Det er den første metode, der er udviklet til DNA-profilering. Organismer har unikke DNA-fingeraftryk eller DNA-profiler. RFLP fungerer som et vigtigt redskab til at analysere variationen mellem DNA-profiler for intraspecifikke eller nært beslægtede organismer, da homologe sekvenser har forskellige restriktionssteder (placeringer), der er unikke for en bestemt organisme. Når homologt DNA fordøjes med specifikke restriktionsendonukleaser, vil det resultere i forskellige DNA-profiler, som er unikke for hver enkelt. Derfor,det primære ved denne metode er påvisning af genetisk variation blandt organismer ved at begrænse homologt DNA med specifikke restriktionsenzymer og analyse af fragmentlængdepolymorfisme via gelelektroforese og blotting. Blotting-mønstre er unikke for hver organisme og karakteriserer de specifikke genotyper.
Trin af RFLP
- Isolering af tilstrækkelig mængde DNA fra prøver
- Fragmentering af DNA-prøverne med specifik restriktionsendonukleaser i kort sekvens
- Separation af de resulterede fragmenter med forskellige længder ved agarosegelelektroforese.
- Overførsel af gelprofilen til en membran ved Southern blotting
- Hybridisering af membranen med mærkede prober og analyse af fragmentlængden polymorfisme i hver profil
RFLP er en meget vigtig teknik til at detektere sygdomsarv og finde risikoen for sygdomsforekomst blandt familiemedlemmer. RFLP bruges også ofte til kortlægning af genom, identificering af kriminelle i retsmedicin, faderskabstest osv. RFLP har også flere begrænsninger. RFLP kræver forudgående viden om sekvensdata for at designe sonder til hybridisering. Det kræver også isolering af tilstrækkelig mængde DNA fra prøven til analyse, hvilket er vanskeligt i retsmedicinske undersøgelser.
Figur 01: RRFLP-kortlægning
Hvad er forskellen mellem AFLP og RFLP?
Diff artikel midt foran bordet
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP involverer selektiv PCR-amplifikation af det fordøjede DNA. | RFLP involverer ikke PCR, medmindre det er PCR-RFLP. |
| Sekvensviden | |
| Forudgående sekvensviden er ikke påkrævet. | Der kræves forudgående sekvensviden til designede RFLP-sonder. |
| Pålidelighed | |
| Dette er mere pålideligt. | Dette er mindre pålideligt sammenlignet med AFLP. |
| Effektivitet ved påvisning af polymorfisme | |
| Dette har en højere effektivitet til påvisning af polymorfisme end RFLP. | Dette er mindre effektivt sammenlignet med AFLP. |
| Koste | |
| Dette er lidt dyrt sammenlignet med RFLP. | Dette er billigere sammenlignet med AFLP. |
| Ansøgninger | |
| AFLP'er er blevet anvendt til genomkortlægning, DNA-fingeraftryk, genetisk mangfoldighedsundersøgelser, faderskabstest og retsmedicin | RFLP-analyse er et vigtigt værktøj til kortlægning af genom, lokalisering af gener til genetiske lidelser, bestemmelse af risiko for sygdom og faderskabstest. |
Resumé - AFLP vs RFLP
AFLP og RFLP er to teknikker, der anvendes som genetiske markører til evaluering af mangfoldighed og vurdering af de genetiske sammenhænge i molekylærbiologi. AFLP fungerer som en effektiv og følsom metode til påvisning af genetisk polymorfisme mellem organismer end RFLP. Men selvom begge disse metoder har forskellige effektiviteter ved påvisning af genetiske variationer, bruges de stadig til DNA-fingeraftryk og sygdomsdiagnose.
