Nøgleforskel - RAPD vs RFLP
Genetiske markører anvendes i molekylærbiologi til at identificere genetiske variationer mellem individer og arter. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) og Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) er to vigtige molekylære markører, der rutinemæssigt anvendes i laboratorier. RAPD udføres med korte og vilkårlige oligonukleotidprimere, og den er baseret på den tilfældige amplifikation af de flere placeringer gennem organismens skabelon-DNA. RFLP udføres med en specifik restriktionsendonuklease, og den er baseret på polymorfismen af resulterede restriktionsfragmenter og hybridisering. Hovedforskellen mellem RAPL og RFLP er, at RAPD er en type PCR-teknik udført uden den forudgående sekvensviden, mens RFLP ikke er involveret i PCR og kræver forudgående sekvensviden for at udføre teknikken.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er RAPD
3. Hvad er RFLP
4. Sammenligning side om side - RAPD vs RFLP
5. Oversigt
Hvad er RAPD?
RAPD er en nyttig molekylær markør inden for molekylærbiologi. Det er en hurtig og nem teknik. RAPD kan defineres som en metode, der resulterer i polymorfe DNA-sekvenser som et resultat af tilfældig amplifikation af flere placeringer af mål-DNA-skabelonen. RAPD bruger korte oligonukleotidprimere med vilkårlige sekvenser til PCR-amplifikation. Primere syntetiseres kunstigt uden den forudgående sekvensviden. Derfor betragtes det som en let og nyttig teknik.
Følgende vigtige trin er involveret i RAPD.
- Ekstraktion af mål-DNA
- Amplifikation af flere placeringer af mål-DNA'et ved anvendelse af tilfældigt valgte primere
- Gelelektroforese af de amplificerede PCR-produkter
- Farvning med ethidiumbromid og identifikation af polymorfismen
Som et resultat af variationen i primerudglødningen genereres forskellige fragmenter med forskellige længder under amplifikationen. Derfor er båndmønstre på gelerne forskellige blandt individer og arter. Således muliggør RAPD påvisning af genetisk variation blandt organismer i identifikation og differentiering.
RAPD anvendes i forskellige studier af molekylærbiologi, såsom identifikation af den genetiske forskel mellem nært beslægtede arter, genkortlægning, DNA-fingeraftryk, identifikation af arvelige sygdomme osv.
Figur 01: RAPD
Hvad er RFLP?
Restriktionsfragmentlængde Polymorfier (RFLP'er) er en molekylær markør, der anvendes i molekylærbiologi til identifikation af genetisk variation i homologe DNA-sekvenser. Det er den første genetiske markør, der er udviklet til DNA-fingeraftryk. Alle organismer producerer unikke DNA-profiler, når de er begrænset med specifikke restriktionsenzymer. RFLP fungerer som et vigtigt redskab til at producere unikke DNA-profiler for enkeltpersoner og påvisning af genetisk variation blandt dem. Når DNA-prøver fordøjes med specifikke restriktionsendonukleaser, giver det forskellige DNA-profiler, som er unikke for hver enkelt. Derfor er det vigtigste ved denne fremgangsmåde påvisning af genetisk variation blandt organismer ved at begrænse homologt DNA med specifikke restriktionsenzymer og analyse af fragmentlængden polymorfisme via gelelektroforese og blotting. Blotting-mønstre er unikke for hver organisme og karakteriserer de specifikke genotyper.
Følgende trin er involveret i RFLP.
- Isolering af tilstrækkelig mængde DNA fra prøver
- Fragmentering af DNA-prøverne med specifik restriktionsendonukleaser i kort sekvens
- Separation af de resulterede fragmenter med forskellige længder ved agarosegelelektroforese.
- Overførsel af gelprofilen til en membran ved Southern blotting
- Hybridisering af membranen med mærkede prober og analyse af fragmentlængden polymorfisme i hver profil
RFLP har forskellige anvendelser såsom diagnose af arvssygdomme, genomkortlægning, kriminel identifikation i retsmedicinske studier, faderskabstest osv.
Figur 02: RFLP-genotypebestemmelse
Hvad er forskellen mellem RAPD og RFLP?
Diff artikel midt foran bordet
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD er en molekylær markør baseret på tilfældige primere og PCR. | RFLP er en molekylær markør baseret på produktion af forskellige længdebegrænsningsfragmenter. |
| Nødvendig prøve | |
| Små DNA-prøver er nok til RAPD-analysen. | Der kræves en stor mængde ekstraheret DNA-prøve til RFLP-analyse. |
| Tid | |
| RAPD er en hurtig proces. | RFLP er en tidskrævende proces. |
| Primer Brug | |
| Tilfældige primere anvendes, og de samme primere kan bruges til forskellige arter. | Artspecifikke prober anvendes i RFLP til hybridisering. |
| Pålidelighed | |
| Pålideligheden af teknikken er mindre sammenlignet med RFLP. | RFLP er en pålidelig teknik. |
| Blotting | |
| RAPD involverer sydlig blotting. | Southern blotting er et trin i RFLP. |
| Påvisning af allel variation | |
| Alleliske variationer kan ikke detekteres af RAPD. | Alleliske variationer kan detekteres ved RFLP. |
| Behov for sekvensviden | |
| RAPD kræver ikke forudgående viden om sekvenser. | Der kræves forudgående sekvensviden til probe-design. |
| PCR | |
| PCR er involveret i RAPD | PCR er ikke involveret i RFLP. |
| Reproducerbarhed | |
| RAPD har lav reproducerbarhed | RFLP har en høj reproducerbarhed sammenlignet med RAPD. |
Resumé - RAPD vs RFLP
RAPD og RFLP er vigtige markører, der anvendes i molekylærbiologi. Begge metoder er i stand til at påvise genetisk variation blandt organismer. RAPD udføres ved hjælp af tilfældige primere. RFLP udføres ved hjælp af specifikke restriktionsenzymer. Begge metoder producerer DNA-profiler, der er unikke for individuelle organismer. RAPD er involveret relativt få trin end RFLP. Men det giver mindre pålidelige og reproducerbare resultater end RFLP. Dette er den største forskel mellem RAPD og RFLP.
