Hovedforskellen mellem insertions- og erstatningsvektorer er, at insertionsvektoren har evnen til at indsætte moderate længder af fremmed DNA, mens erstatningsvektoren har evnen til at rumme større længder af fremmed DNA.
Fagvektorer er de bakteriofager, der anvendes til kloning. Der er to typer af fagvektorer; de er indsættelsesvektor og erstatningsvektor. Også alle fagvektorer består af ikke-essentielle gener. Imidlertid skal disse gener fjernes fra fager for at lette nye fremmede DNA-indsatser.
