Nøgleforskel - Exome vs Transcriptome
Et gen indeholder kodende og ikke-kodende regioner inden i det. Kodende sekvenser er kendt som exoner, og ikke-kodende sekvenser er kendt som introner. Nukleotidsekvensen for eksonerne i et gen repræsenterer genetisk kode for genet for at syntetisere det specifikke protein. Derfor forbliver exoner i mRNA-molekylet. Den samlede exonregion i genomet er kendt som exome, og det er en vigtig del af genomet. Genenes genetiske kode omdannes til den genetiske kode for mRNA-molekylet, som er nødvendig til produktion af protein. Hele mRNA-molekylerne transkriberet i en celle eller en cellepopulation ad gangen er kendt som et transkriptom. Hovedforskellen mellem exome og transkriptom er, at exome repræsenterer sekvenserne af genomets exonregioner, mens transkriptom repræsenterer det totale mRNA for en celle eller et væv på et givet tidspunkt.
INDHOLD
1. Oversigt og
nøgleforskel 2. Hvad er Exome
3. Hvad er Transcriptome
4. Sammenligning side om side - Exome vs Transcriptome
5. Resume
Hvad er Exome?
Gener er sammensat af exoner, introner og regulatoriske sekvenser. Eksoner er genregionerne, der transskriberes til mRNA-sekvens under transkriptionen. Introner og andre ikke-kodende regioner fjernes under transkriptionen. Nukleotidsekvensen for exoner bestemmer den genetiske kode for genet, som syntetiserer det specifikke protein, det koder. Kun exoner forbliver inden for mRNA af et protein. Samlingen af exoner i genomet er kendt som exome af en organisme. Det repræsenterer en del af genomet, der udtrykkes i gener. Hos mennesker udgør exome 1% fra genomet. Det er den proteinkodende del af det humane genom.
Figur 01: Exome
Hvad er Transcriptome?
Transkriptomet er samlingen af alle proteinkodende og ikke-kodende transkripter (RNA'er) i et givet væv. Transcriptome repræsenterer samlingen af samlede mRNA-molekyler udtrykt af generne i en celle eller et væv. Transkriptionen af en celle kan varieres med transkriptionen af en anden celletype. Transkriptomet er også dynamisk - det ændrer sig med tiden som reaktion på både interne og eksterne stimuli. Selv inden for samme væv eller inden for samme celletype kan transkriptom ændre sig efter få minutter.
Transcriptome adskiller sig fra exome af en organisme. Transkriptom inkluderer kun de udtrykte eksomsekvenser. Selvom eksom af en celle forbliver den samme, er transkriptom forskellig mellem celler, da genekspression ikke er den samme for alle celler eller væv. Kun essentielle gener udtrykkes i forskellige celler og væv. Genekspression er en vævs- eller celletypespecifik proces. Det reguleres af forskellige faktorer, herunder miljøfaktorer. Derfor kan transkriptom variere med eksterne miljøforhold.
Transcriptome bruges som en forløber for proteomics studier. Alle proteiner er afledt af mRNA-sekvenser. Translationsændringer kan resultere i ændringer i proteiner. Imidlertid giver transkriptom vigtig grundlæggende information til proteomiske undersøgelser.
Figur 02: Transkriptom af embryonale stamceller
Hvad er forskellen mellem Exome og Transcriptome?
Diff artikel midt foran bordet
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome er samlingen af proteinkodende region af generne. | Transcriptome er samlingen af alt transkriberet RNA inklusive mRNA. |
| Prøve | |
| Exome undersøges ved hjælp af DNA-prøve. | Transkriptom undersøges ved hjælp af en RNA-prøve. |
| Undersøgelsesmetode | |
| Hele exome-sekventering er metoden til at studere exome. | RNA-sekventering er metoden til at studere transkriptom. |
Resumé - Exome vs Transcriptome
Eksoner er de kodende sekvenser for generne og bestemmer proteinernes mRNA-sekvenser. Samlingen af disse kodende sekvenser (exoner) er kendt som exome af en organisme. Gener transkriberes til mRNA-molekyler inden proteiner fremstilles. De samlede mRNA-molekyler i en celle eller et væv til enhver tid er kendt som transkriptom. Transkriptom repræsenterer de gener, der til enhver tid udtrykkes aktivt i mRNA. Transkriptom er celle- og vævsspecifikt og påvirker miljøforholdene. Dette er forskellen mellem exome og transcriptome.
