Nøgleforskel - SDS-side vs oprindelig side
SDS og native side er to typer polyacrylamidgelelektroforeseteknikker, der anvendes i molekylærbiologi. Hovedforskellen mellem SDS-side og indfødt side er den anvendte type polyacrylamidgel. I SDS-side anvendes derfor en denaturerende gel, molekyler adskilles baseret på deres molekylvægt. I modsætning hertil anvendes ikke-denaturerende geler på Native Page. Derfor adskilles molekyler baseret på deres størrelse, ladning og form.
Polyacrylamidgelelektroforese (Side) bruger en gel fremstillet ved polymerisering af acrylamidmonomerer med methylenbisacrylamid. Polyacrylamidet er hårdere og mere varmestabilt end agarose. Polyacrylamidgelerne har en mindre porestørrelse, der muliggør effektiv adskillelse af proteiner. Der er to hovedtyper af sideopsætninger, nemlig SDS-side og indfødt side. SDS-side eller natrium-dodecylsulfat Polyacrylamidgelelektroforese adskiller proteiner baseret på deres molekylvægt. Denatureringsgeler bruges i SDS-siden. Native Page bruger ikke-denaturerende geler og adskiller proteiner baseret på deres størrelse, ladning og form (3D-konformation).
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er SDS-side
3. Hvad er native-side
4. Ligheder mellem SDS-side og native-side
5. Sammenligning side om side - SDS-side vs native-side i tabelform
6. Resume
Hvad er SDS-side?
SDS-side er den mest almindelige elektroforetiske teknik, der bruges til at adskille proteiner baseret på deres molekylvægt. Gelen fremstilles ved tilsætning af SDS (Sodium dodecyl sulfate), som er et vaskemiddel. SDS proteserer proteiner i monomerer. SDS er et anionisk vaskemiddel. Derfor tilføjer det en netto negativ ladning til proteinerne inden for et bredt pH-interval. Når den negative nettoladning tilføres proteinmolekylerne på grund af ladningsvariationen, nedbrydes de komplekse strukturer. På grund af den negative ladning tiltrækker proteiner sig mod den positive ende. Molekyler med lavere molekylvægt bevæger sig således hurtigere på gelmatricen og kan observeres tæt på anoden, hvorimod proteiner med højere molekylvægt observeres tættere på brøndene.
Figur 01: SDS-side
SDS-binding til polypeptidkæden er proportional med dens relative molekylvægt. Derfor kan molekylmassen også bestemmes via SDS-side. Farvningen af SDS Page-gelerne udføres ved bromphenolblåt farvning. Anvendelser af SDS-sider spænder i større grad, hvor det kan bruges til at estimere den relative molekylvægt og til at bestemme den relative overflod af proteiner i en proteinblanding. SDS-side kan også bruges til at bestemme proteindistributionen i en blanding af proteiner. SDS-side anvendes også til oprensning og vurdering af proteiner. Det bruges som en indledende procedure til western blotting og hybridisering, som igen bruges til proteinkortlægning og identifikation.
Hvad er oprindelig side?
Indfødt polyacrylamidgelelektroforese (Native Page) bruger en ikke-denaturerende gel. Derfor tilsættes SDS eller ethvert andet denatureringsmiddel ikke til gelmatricen. På oprindelig side er adskillelsen af proteiner baseret på proteinets størrelse og størrelse. Derfor afhænger proteinets mobilitet af proteinets størrelse og størrelse.
Opladningen af proteinet afhænger af aminosyrernes sidekæder. Hvis sidekæderne er negativt ladede, modtager proteinet en samlet negativ ladning og omvendt. Proteiner bevarer en 3D-konformation på grund af foldningen, der finder sted. Foldningsresultater fra de forskellige bindingstyper i proteiner såsom disulfidbindinger, hydrofobe interaktioner og hydrogenbindinger. Derfor, hvis den oprindelige side bæres ved en neutral pH-værdi, separeres proteinerne i henhold til proteinets molekylære form. Derfor kan Native Page bruges som en følsom teknik til at detektere ændringen i ladning eller konformation af proteinet.
Den største fordel ved native side er, at det protein, der anvendes til sideanalysen, kan genvindes i sin oprindelige tilstand efter sideanalysen, da proteinet ikke forstyrres under processen. Native Page er en relativt høj gennemstrømningsteknik, og proteinets stabilitet øges.
Figur 02: Indfødt side
Efter afslutning af gelkørslen kan Native Page-gelen ses ved farvning med bromophenolblåt eller et hvilket som helst andet passende farvningsreagens. Anvendelserne af Native Page inkluderer adskillelse af sure proteiner inklusive glycoproteiner såsom humant rekombinant erythropoietin eller identifikation af proteiner til stede i Bovint Serum Albumin (BSA).
Hvad er ligheden mellem SDS-siden og den indfødte side?
- Både SDS Page og Native Page-systemer bruger polyacrylamidgel som matrixen til gelen.
- Begge bruges til separation og identifikation af proteiner.
- Begge bruger elektroforetisk mobilitet til at adskille forbindelserne.
- Begge kan udføres lodret eller vandret (hovedsagelig som lodrette sideopsætninger, fordi løbetiden er mere).
- Elektroforeseapparatet, der inkluderer geltanken, kamme, strømforsyningen er nødvendig til driften af begge teknikker.
- Visualiseringen af gelen kan udføres ved farvningsmetoder i begge teknikker.
Hvad er forskellen mellem SDS-side og native-side?
Diff artikel midt foran bordet
SDS-side vs indfødt side |
|
| SDS-side eller natrium-dodecylsulfat-side adskiller proteiner baseret på deres molekylvægt, og den bruger en denaturerende gel. | Native Page bruger ikke-denaturerende geler og adskiller proteiner baseret på deres størrelse, ladning og form (3D-konformation). |
| Type gel | |
| En denatureringsgel anvendes i SDS-side. | En ikke-denaturerende gel bruges på den oprindelige side. |
| Tilstedeværelse af SDS | |
| SDS er til stede som et rengøringsmiddel for at give en negativ ladning på prøven i SDS-siden. | SDS er ikke til stede på den oprindelige side. |
| Separationsgrundlag | |
| Adskillelse af proteiner afhænger af molekylvægten af proteinet i SDS-siden. | Adskillelse afhænger af størrelsen og formen af proteinmolekylet på den oprindelige side. |
| Proteinets stabilitet | |
| Proteinets stabilitet er lav på siden SDS. | Proteins stabilitet er høj på den oprindelige side. |
| Gendannelse af det originale protein | |
| Ikke muligt, da det er denatureret på SDS-siden. | Mulig på den oprindelige side. |
Resume - SDS-side vs indfødt side
SDS-side og indfødt side er to typer polyacrylamidgelelektroforese-teknikker, der bruges til at adskille proteiner. SDS Page behandles med et vaskemiddel kaldet SDS. SDS tilfører en samlet negativ ladning til proteinet, hvilket derefter resulterer i denaturering af proteinet. Derfor adskilles proteinerne baseret på deres molekylvægt. I modsætning hertil anvender Native Page-teknikken ikke noget denatureringsmiddel. Således separeres proteinerne enten baseret på deres størrelse eller form. Dette er forskellen mellem SDS-side og native-side.
