Hovedforskellen mellem mesenchym og ectomesenchyme afhænger af typen af celler, de indeholder. Mesenchyme indeholder løse celler, der let migrerer for at danne grundvævet af kollagen, og knogle- og bruskvæv, mens ectomesenchyme indeholder neurale kamceller og danner væv i nakke og kranium.
Både mesenchyme og ectomesenchyme er til stede i det embryonale stadium. Udviklingen af mesenchymet og ectomesenchymet er vigtigt for at undersøge udviklingen af forskellige væv, der stammer fra disse celler.