Hovedforskellen mellem mesoderm og mesenchyme er, at mesoderm er et af de tre kimlag af bilateralt symmetriske dyr, mens mesenchyme er et udifferentieret væv, der findes i embryonisk ægte mesoderm.
Hos diploblastiske dyr er kropsplanen relativt enkel med to lag celler. De to lag er den ydre ektoderm og den indre endoderm. Ektodermcellerne vender ud mod miljøet, og endodermcellerne vender mod enteronen, hvilket er et hulrum med en enkelt åbning udad. Åbningen er munden. Desuden er triploblastisk tilstand den tilstand, hvor et tredje lag kendt som mesoderm udvikles i fosteret. Mesoderm ligger mellem ektoderm og endoderm og adskiller de to lag af celler. Det tredje lag er vigtigt for kroppen. Hos visse dyr forbliver meget af mesoderm udifferentieret og danner et pakningsvæv kendt som mesenchymet, som understøtter og beskytter kroppens organer.
