Hovedforskellen mellem R- og S-konfiguration er, at R-konfigurationen er det rumlige arrangement af R-isomer, som har sin relative prioritetsretning i urets retning, mens S-konfigurationen er det rumlige arrangement af S-isomer, der har sin relative prioritetsretning. rækkefølge i retning mod uret. Her er den relative retning af prioritetsrækkefølgen den faldende prioritetsrækkefølge for substituenter.
R- og S-isomerer er organiske molekyler med et chiralt center, som er et carbonatom, der har fire forskellige substituenter knyttet til sig. Disse substituenter bliver opført efter deres prioritet (prioriteten bestemmes ved hjælp af CIP-regler som beskrevet nedenfor).
