Hovedforskellen mellem filsystem og database er, at filsystem kun administrerer den fysiske adgang, mens databasen administrerer både den fysiske og logiske adgang til dataene.
Database og filsystem er to metoder, der hjælper med at gemme, hente, administrere og manipulere data. Begge systemer giver brugeren mulighed for at arbejde med data på samme måde. Et filsystem er en samling af rå datafiler, der er gemt på harddisken, mens en database er beregnet til let at organisere, lagre og hente store mængder data. Med andre ord indeholder en database et bundt med organiserede data typisk i en digital form til en eller flere brugere. Forkortelsen fra databasen er DB. Det er muligt at klassificere DB efter deres indhold, såsom dokumenttekst, bibliografisk og statistisk. Det er vigtigt at bemærke, at selv i en database lagres data i sidste ende eller fysisk i nogle filer.
