Hovedforskellen mellem prokaryot og eukaryot topoisomerase er topoisomerasens cellulære oprindelse. Prokaryote topoisomeraser er til stede i cellerne af prokaryot cellulær oprindelse, mens eukaryote topoisomeraser er til stede blandt organismer med eukaryot cellulær oprindelse. Desuden adskiller de sig også i fordelingen. Prokaryote topoisomeraser er til stede i cellens cytoplasma, mens eukaryote topoisomeraser er fordelt i kernen.
En isomerase er en gruppe enzymer, som katalyserer den strukturelle omlejring af molekyler. Topoisomerase er en type isomeraser. Det ændrer topologien af DNA-molekylet ved at regulere DNA-supercoiling. Det klipper og forsegler en eller begge tråde af DNA-dupleksen. Derfor er DNA i stand til at gennemgå replikation, transkription, reparation og kromosomal adskillelse. Der er to typer topoisomeraser, nemlig topoisomerase I og II.
