Hovedforskellen mellem prokaryotisk og eukaryotisk DNA er, at det prokaryotiske DNA frit flyder i cytoplasmaet, mens det eukaryotiske DNA befinder sig inde i kernen.
Der er to hovedkategorier af levende organismer såsom prokaryoter og eukaryoter. De adskiller sig fra hinanden ved deres cellulære organisation. Følgelig har prokaryoter en simpel cellulær organisation. De mangler en kerne og membranbundne organeller. På den anden side har eukaryoter en kompleks cellulær organisation. De har en ægte kerne, der indeholder DNA og også membranbundne celleorganeller. Alle prokaryoter er encellede, mens eukaryoter kan være encellede eller flercellede organismer. Prokaryoter og eukaryoter indeholder hovedsageligt DNA-genomer. Deres DNA er pakket i kromosomer. Da prokaryoter ikke har en kerne, flyder deres DNA frit i cytoplasmaet. Imidlertid ligger kromosomer i eukaryoter inde i kernen. Derfor omslutter nuklear membran alt eukaryotisk DNA.
