Hovedforskellen mellem prokaryotisk og eukaryotisk genom er, at det prokaryotiske genom er til stede i cytoplasmaet, mens det eukaryote genom begrænser sig inden i kernen.
Genom refererer til hele samlingen af DNA i en organisme. Med andre ord er genomet det genetiske materiale i en organisme, der indeholder den samlede genetiske information. Det meste af organismen har et genom fremstillet af DNA. Nogle genomer er dog RNA-baserede. Som et eksempel har visse vira RNA-genomer. Når man overvejer det totale genetiske materiale i en organisme, inkluderer det ikke kun generne eller de kodende sekvenser. Det inkluderer både gener og ikke-kodende DNA-sekvenser.
Da den genetiske information ligger inden for genomet i form af gener, gennemgår gener transkription og translation for at producere proteiner. Der er en forskel mellem prokaryote og eukaryote genomekspressionsprocesser. Desuden er lagring og replikering af begge genomer også forskellige blandt prokaryoter og eukaryoter. Men strukturen af DNA forbliver den samme (Double Helix) i begge organismer. Hovedforskellen mellem prokaryotisk og eukaryotisk genom går med organismernes cellulære organisering, og hvor genomet befinder sig.
