Hovedforskellen mellem Pepsin og Protease er, at pepsin er en type protease, mens proteasen er et enzym, der spalter protein i aminosyrer.
Proteiner er vigtige makromolekyler fremstillet af forskellige aminosyrer. Aminosyrer er byggestenene i proteiner, og de polymeriserer til proteiner ved amidbindinger. Nogle enzymer kan bryde proteiner i aminosyrer, og de er kendt som proteaser. Der er forskellige typer proteaser, der adskiller sig efter hydrolysemekanismen. Blandt dem er pepsin, som er en gastrisk protease, en sådan type.