Hovedforskellen mellem chaperoner og chaperoniner er, at chaperonerne udfører en bred vifte af funktioner, herunder foldning og nedbrydning af proteinet, hjælp til proteinsamling osv., Mens chaperonins nøglefunktion er at hjælpe med foldning af store proteinmolekyler.
Molekylære chaperoner eller chaperoner er proteinmolekyler, der hjælper med at folde proteiner til komplekse strukturer. Derfor er chaperoniner en type chaperone, som inkluderer varmechokproteiner. Ud af alle typer chaperoner er chaperoniner de mest undersøgte proteiner på grund af den vigtige rolle, det spiller under korrekt proteinfoldning. Derfor forhindrer virkningen af chaperoner og chaperoniner den irreversible aggregering af proteiner og muliggør derved deres funktionalitet. Chaperoner og chaperoniner adskiller sig meget minut baseret på funktionaliteten af de to molekyler.
