Hovedforskellen mellem maltose og isomaltose er, at maltosen har to glukosenheder forbundet med hinanden via en alfa 1-4 binding, mens isomaltosen har to glukosenheder forbundet med hinanden via en alfa 1-6 binding.
Maltose er et disaccharid. Det betyder, at den har to sukkerenheder, der er forbundet med hinanden. I tilfælde af maltose og isomaltose er sukkerenheden et glukosemolekyle. Derfor adskiller disse to former for disaccharider sig fra hinanden alt efter den kemiske binding mellem de to glukosenheder. Imidlertid reducerer begge disse sukkerformer sukker.
