Hovedforskellen mellem glukogene og ketogene aminosyrer er, at de glukogene aminosyrer producerer pyruvat eller andre glukoseforløbere under deres katabolisme, mens ketogene aminosyrer producerer acetyl CoA og acetoacetyl CoA under deres katabolisme.
Aminosyrer er de grundlæggende molekyler, der udgør den kemiske struktur af proteiner og polypeptider. Selvom der er forskellige klassifikationer for aminosyrer, kan vi klassificere dem som glukogene og ketogene aminosyrer afhængigt af mellemprodukterne, som de danner under deres katabolisme. Som nævnt ovenfor giver slutproduktet af katabolismen af aminosyrer to typer mellemprodukter; enten pyruvat (eller til andre glucoseforstadier) eller acetyl CoA og acetoacetyl CoA.
