Hovedforskellen mellem BCAA og aminosyrer er, at BCAA er forgrenet aminosyre, der har alifatiske sidekæder med en gren, mens aminosyrerne er organiske forbindelser indeholdende amingrupper, carboxylgrupper og en specifik sidekæde.
Aminosyrer er byggestenene i proteiner. Aminosyrens sidegruppe (R) bestemmer egenskaberne for aminosyren. Derfor er denne sidegruppe specifik for aminosyrer. Med andre ord har forskellige aminosyrer forskellige sidegrupper. BCAA'er har dog en ekstra unikhed; et centralt carbonatom bundet til tre eller flere carbonatomer.
