Hovedforskellen mellem GFP og EGFP er, at GFP er et vildtypeprotein, der er inkorporeret i den molekylære kloning af celler, der ikke er fra pattedyr, mens EGFP er en forbedret eller konstrueret type GFP, der kan bruges på pattedyrsceller.
Molekylær kloning er en avanceret teknik, som forskere bruger uhyre i at udtrykke proteiner via rekombinant teknologi. I rekombinant DNA-teknologi er det nødvendigt at transformere rekombinant vektor med succes til værtsorganismen. Derfor skal det under transformationsprocessen identificeres og bekræftes, om genet af interesse er blevet transformeret til værten eller ej. For at vurdere dette vedtager molekylærbiologer flere teknikker. Ud af disse teknikker er den ene reportergen. Disse reportergener fungerer som selekterbare markører for at vælge de korrekte transformanter. Således er det grønne fluorescerende protein (GFP) og det forbedrede grønne fluorescerende protein (EGFP) to reporterproteiner, der anvendes i molekylær kloning.
