Hovedforskellen mellem pluripotente og multipotente stamceller er, at de pluripotente celler har evnen til at differentiere sig i en hvilken som helst celletype af de tre kimlag, mens de multipotente stamceller har evnen til at udvikle sig til et begrænset interval af specifikke celletyper.
Visse celler har evnen til at differentiere sig til andre typer specialiserede celler. Denne evne kaldes cellepotens. Når en celle er i stand til at skelne i flere celletyper, har den pågældende celle stor styrke. På samme måde har stamcellerne stor cellepotens. De er udifferentierede celler fra flercellede organismer, som kan dele sig hurtigt og differentiere sig til andre celletyper. Følgelig er der to hovedtyper af stamceller. De er nemlig embryonale stamceller og voksne stamceller. Baseret på evnen til at differentiere i celletyper er nogle stamceller totipotente, mens nogle er pluripotente og multipotente. Pluripotente stamceller kan blive en hvilken som helst type celler i de tre kimlag, mens multipotente stamceller kan differentiere til specifikke celletyper. Følgelig er embryonale stamceller pluripotente celler. På den anden side er blodstamceller multipotente stamceller.
