Hovedforskellen mellem embryonale og somatiske stamceller er, at de embryonale stamceller er pluripotente udifferentierede celler, der har embryonal oprindelse, mens somatiske stamceller er multipotente udifferentierede celler, der er af vævs- og organoprindelse.
Stamceller er udifferentierede celler, som er i stand til at vokse til ægte væv eller organer. Generelt er der to hovedstamcelletyper som embryonale stamceller og voksne stamceller (somatiske stamceller). I tilfælde af differentiering kan embryonale stamceller differentiere sig i enhver type celler. I modsætning hertil kan somatiske stamceller kun differentiere sig i flere vævsspecifikke celler. Derfor er embryonale stamceller pluripotente, mens somatiske stamceller er multipotente. I enkle ord er differentieringsevnen høj i embryonale stamceller sammenlignet med de somatiske stamceller.
