Hovedforskellen mellem mikrofag og makrofag er, at mikrofagen er en type lille fagocyt, der kun lever i et par dage, mens makrofagen er en type større fagocyt med længere levetid.
Vores immunsystem kæmper med invaderende patogene mikroorganismer og holder os sikre. Derfor er det et komplekst system, der udfører mange forskellige forsvarsmekanismer for at opdage angribere og ødelægge dem. Fagocytose er en mekanisme, hvor fagocytter indtager invaderende partikler og dræber dem. Fagocytter er celler, der er i stand til at opsluge og absorbere bakterier, og andre fremmede celler og infektiøse partikler ødelægger i dem. Følgelig er der to hovedtyper af fagocytter, nemlig mikrofag og makrofag. Mikrofag er en lille polymorfonuklear fagocyt, der præsenteres i stort antal. På den anden side er makrofagen en type fagocyt, der er stationeret på flere vigtige steder i vores krop for at fungere som en frontlinieforsvarsmekanisme mod invaderende partikler. De er de store spisere i vores immunsystem.
