Hovedforskellen mellem epistatisk gen og hypostatisk gen er, at det epistatiske gen er et gen, der påvirker ekspressionen af et andet gen på et andet sted, mens det hypostatiske gen er genet, der udsættes for interferensen af det epistatiske gen.
Visse gener afhænger af andre ikke-allele gener for deres udtryk. Epistasis er en form for geninteraktion, hvor et gen interfererer eller maskerer ekspressionen af et andet gen placeret på et andet sted. Derfor er det en slags ikke-allelisk geninteraktion. I denne specielle geninteraktion interagerer to gener, og de er det epistatiske gen og det hypostatiske gen. Følgelig er genet, der maskerer ekspressionen af andet gen, kendt som epistatisk gen, mens genet, hvis ekspression er påvirket, er kendt som et hypostatisk gen.
