Hovedforskellen mellem fotosystem 1 og fotosystem 2 er, at fotosystemet 1 har et reaktionscenter, der består af klorofyl, et molekyle af P700, der absorberer lys ved en bølgelængde på 700 nm. På den anden side har fotosystemet II et reaktionscenter, der omfatter klorofyl, et molekyle af P680, der absorberer lys ved en bølgelængde på 680 nm.
Fotosystemer er en samling af klorofylmolekyler, tilbehørspigmentmolekyler, proteiner og små organiske forbindelser. Der er to hovedfotosystemer; fotosystem I (PS I) og fotosystem II (PS II), der findes i thylakoidmembraner af kloroplaster i planter. Begge udfører lysreaktionen fra fotosyntese. Følgelig har planter stort set brug for begge disse fotosystemer. Det er fordi fjernelse af elektroner fra vand kræver mere energi end lysaktiveret fotosystem, jeg kan levere. Følgelig kan fotosystem II absorbere kortere bølgelængde (højere energi) lys og forbindelser i tandem til PS I, hvilket muliggør ikke-cyklisk elektronstrøm.
