Hovedforskellen mellem endoparasitter og ektoparasitter er, at endoparasitterne er parasitære organismer, der lever inde i værtsorganismen, mens ektoparasitter er parasitære organismer, der lever uden for værten, hovedsageligt på huden.
En parasit er en organisme, der lever på eller i en anden organisme kendt som værten. Parasitten får næringsstoffer fra værten. Parasitisme er forholdet, der eksisterer mellem vært og parasit. Parasitter er altid afhængige af en vært, og de kan ikke leve uden værten. Dette forhold er skadeligt for værten, men det er gavnligt for parasitten. Dette kan medføre alvorlige sygdomme for værter. Nogle gange kan parasitter endda dræbe værten. Mange parasitter har komplekse livscyklusser, der har brug for flere værter til vækst og reproduktion. Til det har de erhvervet mange unikke tilpasninger, der kan ændre værts opførsel og gøre dem mere sårbare over for deres rovdyr. Denne proces muliggør transmission af parasittrin fra en vært til en anden. Afhængig af parasitternes levende miljø,de kan klassificeres som endoparasitter og ektoparasitter.
