Hovedforskellen mellem ectomycorrhizae og endomycorrhizae er, at svampehyferne ikke trænger ind i kortikale celler af planterødderne i ectomycorrhizae, mens svampehyferne trænger ind i kortikale celler af planterødderne i endomycorrhizae.
Mycorrhizae er et vigtigt symbiotisk forhold, der opstår mellem svampe og rødder fra højere planter. Både svampe og planter modtager fordele ved denne forening. Svampehyfer trænger ind i jorden og bringer næringsstoffer til planterne, mens planter også giver fordele for svampene. Derfor er det et økologisk vigtigt forhold. Vigtigst er det, at svampehyfer kan vokse flere meter og transportere vand og næringsstoffer, især kvælstof, fosfor, kalium til rødderne. Desuden beskytter mycorrhizal-foreningen planten mod rodpatogener. Derfor er symptomer på næringsstofmangel mindre tilbøjelige til at forekomme i planter, der er i disse symbiotiske foreninger. Der er to typer mycorrhizae som ectomycorrhizae og endomycorrhizae.
