Hovedforskellen mellem dynein og kinesin er, at dynein er et cytoskeletmotorprotein, der bevæger sig mod minusenden af mikrotubuli, mens kinesin er et andet cytoskeletmotorprotein, der bevæger sig mod plusenden af mikrotubuli.
Cytoskeletet består af forskellige slags filamenter. Mikrotubuli er en type blandt dem. De styrer den materielle bevægelse inden i cellen. De er også vigtige for at opretholde celleformen. Bortset fra det er mikrotubuli afgørende for at adskille kromosomer i mitose og meiose. Desuden er mikrotubuli nøglekomponenter i cilier og flageller i nogle eukaryote celler. Strukturelt er mikrotubuli polære strukturer. De har en plus og minus ende. Generelt strækker minusenden sig mod midten af cellen, mens plusenden strækker sig mod celleoverfladen. Under den intracellulære transport af vesikler og organeller hjælper to typer af cytoskeletmotorproteiner med mikrotubuli. De er dyneiner og kinesiner. Dyneiner bevæger sig mod minusenden af mikrotubuli, mens de bærer materialer til centrum af cellen. I modsætning hertil bevæger kinesiner sig mod celleoverfladen, der bærer materialer til periferien af cellen.
