Hovedforskellen mellem alfa og beta helix er afhængig af typen af hydrogenbinding, de danner i udviklingen af disse strukturer. Alpha-helixer danner intramolekylære hydrogenbindinger, mens betahelices danner intermolekylære hydrogenbindinger.
Komplekse proteiner har fire strukturelle organisatoriske niveauer - primære, sekundære, tertiære og kvaternære. De sekundære strukturer af proteiner danner peptidkæderne i forskellige retninger. Peptidkæderne består af aminosyresekvenser bundet af peptidbindinger. Derfor er der to primære sekundære strukturer i proteiner som alfa helix og beta helix. Derudover er der andre sekundære strukturer kaldet beta-turn og hårnålestrukturer. Hovedsageligt fokuserer denne artikel på forskellen mellem alfa og beta helix.
