Hovedforskellen mellem cis cyclohexan og transcyclohexan er, at cis cyclohexan har dens substituenter, der peger på det samme plan af ringen, mens transcyclohexan har dens substituenter, der peger på modsatte plan.
Cyclohexan er en cycloalkan, hvor en seksleddet carbonring, der findes i stolens konformation. I stolkonstruktionen har denne forbindelse den laveste vinkelstamme; den er således mere stabil end andre mulige konformationer. Desuden er halvdelen af de hydrogenatomer, der er forbundet med carbonatomer, i denne konformation i ringen. Vi kalder dette som ækvatorial positionering. Den anden halvdel er placeret vinkelret på ringens plan. Vi kalder dette aksial positionering. Når der er to eller flere substituenter i cyclohexan, kan vi observere cis og trans-isomerisme ved at observere, om substituenterne er i ækvatorial position eller aksial position.
