Hovedforskellen mellem cis og transfedtsyrer er, at cis-fedtsyrerne har to hydrogenatomer bundet til dobbeltbindingen i den samme side af carbonkæden, mens transfedtsyrerne har de to hydrogenatomer bundet til dobbeltbindingen i det modsatte sider af kulstofkæden.
Fedtsyrer er carboxylsyrer, der indeholder lange alifatiske carbonkæder, der enten er mættede eller umættede. Dette betyder, at den alifatiske kæde måske eller ikke indeholder dobbeltbindinger mellem carbonatomer. Cis og transfedtsyrer er to former for umættede fedtsyrer.
